辣椒的主要病害是青枯病、辣椒疫病、白粉病和软腐病等。青枯病会导致辣椒茎枯萎；辣椒疫病会引起辣椒植株腐烂；白粉病会使辣椒叶片出现粉状物质；如果是软腐病，辣椒果实就容易腐烂脱落。

青枯病

辣椒如果养护不适当，那么可能会出现青枯病，当病害发生时，辣椒顶部的叶子会在白天枯萎，但阴天或者早晚时会恢复正常，2-3天后，辣椒的叶子会保持正常，但茎会枯萎，一般在高温和高湿的环境下辣椒很容易得这种病。

辣椒疫病

辣椒的主要病害是辣椒疫病，植株可能在整个生长期内滋生这种病害，当病害发生时，辣椒的茎基部是深绿色浸水软腐或突然脱落，有时是深褐色，如果叶被侵染，就会出现2-3厘米圆或亚圆形的暗褐斑。

白粉病

辣椒的主要病害是白粉病，这种病害是由亚叶囊尾蚴引起的，植株的叶片边缘不会出现明显的绿色和黄色斑驳，叶片背面会有粉状物质，当植物严重时，植物会出现叶光杆现象。

软腐病

辣椒软腐病也是辣椒的主要病害之一，当辣椒果实出现水渍时，辣椒就会腐烂掉，并散发出恶臭的现象，一般在高温和雨季，辣椒是最有可能产生这种病害的。