玉米育种是以利用杂种优势为主，是从选育自交系开始，以选育并利用单交种为主要目的。自交系的选育标准以自身繁殖产量高，优质、多抗、耐密和综合性状优良为标准。自交系的育种方法是与原始材料的种类以及育种目标性状相关联的

1.二环系育种：用单交种和一些商品杂交种等作原始材料，一般采取常规的二环系育种方法；

2.群体改良法：利用遗传基础复杂的综合品种或群体作为原始材料选育自交系时，可以采有两种方法：一种是结合群体改良，在进行轮回选择的同时，分离自交系。另一种是按二环系育种方法直接分离自交系；

3.回交改良及定向复交综合法；是改良自交系某些缺点的有效途径；

4.单倍体育种：包括花药培养、孤雄、孤雌生殖法；

5.诱变育种：采用射线处理玉米种子、花粉、幼苗使之产生变异；

6.配子选择法和聚仓改良方法：前者因其程序较繁琐，后者因其局限性，一向较少采用。

7.生物育种技术：80年代以来，特别在90年代中，分子生物技术在玉米育种中得到广泛的应用。分子标记技术已经广泛用于玉米遗传育种研究。在一定条件下，可加速玉米育种进程，提高选择效果；用于遗传多样性的研究，可鉴别玉米种质的多样性和差异；用于qtls的研究，可以探明受多基因控制的玉米产量性状和品质性状的基因座位效应和效应，认识杂种优势的机理；用于基因定位，可以进行基因克隆制作精确的玉米基因图谱，最终可能破译玉米的全部遗传密码，调控玉米性状的遗传行为。随着分子生物技术不断改进和完善，必将更广泛地用于玉米遗传育种的研究之中，促进本学科的创新与发展。