(1)中耕除草。要经常保持土层疏松田间无杂草。每年中耕除草34次，中耕宜浅，不要损伤植株。

(2)追肥。移栽后一般追肥1-2次，秋栽的黄芩分别在第2年4、6月份追肥，春栽的在6月份追肥，追肥主要用腐熟人畜粪、硫酸铵、草木灰等，于行间开沟，施后培土。

(3)防旱排涝。黄芩耐旱怕涝，若遇严重干旱，可适当浇水，雨季要及时排水，雨水过多或畦内积水易造成烂根。

(4)摘除花蕾。除留种的植株外，应在开花期选晴天上午随时摘去花蕾，减少养分消耗，以利根部生长。

(5)病虫害防治。黄芩病虫害主要有叶枯病、白粉病、根腐病和蚜虫等。

叶枯病：发病初期，用50%多菌灵IOOO倍液喷雾防治，隔7-10天再喷1次，连喷2-3次。秋季收获后，要清除病残枝叶。

白粉病：一般7月份发生。防治方法：①注意田间通风透光。②发病初期，喷施70%甲基托布津1000倍液或25%的粉锈宁2000倍液。

根腐病：雨季及时排水，并于发病初期用50%甲基托布津等药液浇灌病株。

蚜虫：用50%抗蚜威3000-4000倍液喷杀。为确保不造成农药残留，在黄芩采收前40天，停用任何农药。

(6)留种田管理。黄芩原种生产田管理，除花期外与药材生产管理基本一致。花期管理：花前要浇灌透水1次，配合浇水1亩施过磷酸钙、硫酸钾各20-30千克，或抽穗前叶面连续喷施0.5%的磷酸二氢钾2次，间隔1周。同时，在抽穗前叶面喷0.2%硼肥1次。种子采收：黄芩果期8-10月，果实成淡棕色时采收，由于种子成熟不一致，且极易脱落，须随熟随采，剪下果穗，晒干打种。