1、来源不同，白瓜子与南瓜子最大的不同就是来源不种，它们是不同植物的种子，白瓜子是来源于蒙古特产雪片瓜，南瓜子则来源于葫芦科植物南瓜。

2、成熟季节不同，白瓜子多在夏天成熟，南瓜子则多在秋天成熟。

3、颜色不同，白瓜子与南瓜子的区别还表面它们的个头与颜色上，白瓜子个头大外表颜色为白色，种仁扁平，而南瓜子的外表则多为暗黄色，个头较小，种仁比较厚，看上去圆鼓鼓的。