选择个人所得税扣除方式的办法：个人取得综合所得，有扣缴义务人的，可以由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；个人取得经营所得，则由纳税人在月度或者季度终了后的十五日内向税务机关进行纳税申报，并预缴税款。