根据刑法第153条和最高人民法院《关于审理非法运输刑事案件具体应用法律若干问题的解释》的有关规定，涉嫌非法运输货物、物品偷逃应缴税额在5万元以上的，应当予以立案。
涉嫌非法运输货物、物品偷逃应缴税额在5万元以上的，应当予以立案。所谓“应缴税额”，是指进出口货物、物品应当缴纳的进出口关税和进口环节海关代征税的税额。非法运输货物、物品所偷逃的应缴税额，应当以非法运输行为案发时所适用的税则、税率、汇率和海关审定的完税价格计算，并以海关出具的证明为准。
应当注意，下列几种情形符合立案标准的，也应当以涉嫌非法运输货物、物品罪立案侦查。
根据刑法第154条的规定：“下列行为，根据本节规定构成犯罪的，依照本法第153条的规定定罪处罚：
(一)未经海关许可并且未补缴应缴税额，擅自将批准进口的来料加工、来件装配、补偿贸易的原材料、零件、制成品、设备等保税货物，在境内销售牟利的；
(二)未经海关许可并且未补缴应缴税额，擅自将特定减税、免税进口的货物、物品，在境内销售牟利的。”。
刑法第155条规定：“下列行为，以非法运输罪论处，依照本节的有关规定处罚：
(一)直接向非法运输人非法收购国家禁止进口物品的，或者直接向非法运输人非法收购非法运输进口的其他货物、物品。数额较大的；
(二)在内海、领海运输、收购国家禁止进出口物品的，或者运输、收购、贩卖关于家限制进出口货物、物品，数额较大，没有合法证明的。”。
