艾蒿和水蒿在株高、叶、味、习性上有差异。艾蒿较高，叶也比较大，叶背有白色绒毛，气味更令人兴奋，一般生长在路边草地等地；水蒿较短，叶小，闻起来更香，喜欢生长在水源丰富的地方。

株高差异

艾蒿和水蒿都是青蒿属的植物，但它们的高度不同。当艾蒿生长时，艾蒿的树干会比较粗和长，其茎的颜色将是浅绿色，一般可长80至150厘米，而水蒿较短，枝条一般长6至10厘米。

叶片差异

艾蒿和水蒿的叶子也有区别。两者蒿相比，艾蒿的背面有白色的绒毛，叶子大，但锯齿叶小，而水蒿的正面颜色是白色的，水蒿的叶子柔软光滑，叶子小，但锯齿纹很深。

气味差异

艾蒿和水蒿的气味也有区别，艾蒿的气味要刺激一些，给人一种清凉的感觉，艾蒿的气味有驱赶蚊虫的效果，而水蒿的气味比较清香，有点像芹菜的感觉，有些不喜欢水蒿的人会觉得水蒿带有特殊的臭味。

习性差异

艾蒿和水蒿仍有不同的生长习性，艾蒿一般生长在草地路边等地方，相对于水蒿来说，艾蒿对水分的需求要小很多，而水蒿主要生长在塘沿及水田埂边，水蒿的耐湿能力很强，水源充足的地方能够生长得很旺盛。