农作物被水淹如果超过48小时，根部会发黄、发褐以致腐烂。另外，水淹过后会有一段虚弱期，这段时间农作物的抗病能力比较差，及时补救是非常重要的!

1、造成土壤中缺氧

如果土壤水分过多，时间过长，就会缺氧。当温度高时，破坏会加剧。轻则导致根系发育不良，重则导致种子腐烂、不出芽、根系腐烂、幼苗(植株)大死。

2、造成根系功能降低

当蔬菜根系缺氧时，呼吸受到抑制，根系的吸收能力大大降低。容易引起"生理饥饿"、"生理干旱"或植物倒伏。

3、产生有害物质

由于土壤长期缺氧缺水，厌氧微生物非常活跃，土壤中产生的有害物质(如硫化氢、乙烯、氨、甲烷等)会直接毒害根部。

4、造成土壤中肥料流失

肥料容易随着地表水的流出/渗入而流失，尤其是速效氮肥由于厌氧微生物的活性使氨或氮还原而流失。

5、晒死根系

由于流水或雨水的侵蚀，表层土壤流失加剧，根系暴露(翻根或暴露根)。天气晴朗后，在阳光照射下，裸露的根系很容易死亡。

6、诱发病虫害

如果蔬菜长期处于洪水或高温高湿的环境中，容易被有害生物破坏，造成大面积病虫害，特别是细菌性病害。