金丝桃全草长约80cm，光滑无毛。根呈圆柱形，表面棕褐色，栓皮易成片状剥落，断面不整齐，中心可见极小的空洞。老茎较粗，圆柱形，直径4～6mm，表面浅棕褐色，可见对生叶痕，栓皮易成片状脱落。质脆、易折断，断面不整齐，中空明显。幼茎较细，直径1.5～3mm，表面较光滑，节间呈浅棕绿色，节部呈深棕绿色，断面中空。叶对生，略皱缩易破碎;完整叶片展形呈长椭圆形，全缘，上面绿色，下面灰绿色中脉明显突起，叶片可见透明腺点。气微香，味微苦。

　　根横切面木栓层约10余列细胞;皮层细胞类圆形，可见少数的分泌腔，直径11～18μm;韧皮部有分泌腔，大小与层皮分泌腔相似，韧皮射线不明显;形成层明显;木质部宽广，导管呈放射状排列;髓部较小，薄壁细胞类圆形。本品薄壁细胞含草酸钙簇晶。

　　老茎：木栓层约8列扁长方形的棕色细胞;皮层薄壁细胞类圆形，散有分泌腔，直径10～16μm;韧皮部亦散有少量分泌腔，射线不明显;形成层明显;木质部细胞木化，木纤维较发达，导管大多为单列呈放射状排列，木射线宽1-2列细胞;髓大，本品薄壁细胞含草酸钙簇晶。

　　幼茎：表皮细胞长方形，细胞壁略增厚;皮层较宽，散有分泌腔，直径9～16μm，并可见微木化的纤维束断续排列呈环带状;韧皮部亦散有少量分泌腔。余同老茎。