严格去杂是保证繁殖和制种质量的重要环节。在播种时要经过严格粒选，剔除杂粒。在玉米生育期间一般进行3次去杂：

第一次在苗期进行，根据自交系的典型株型，如叶色深浅、叶鞘颜色、叶片宽窄等特征，识别和拔除杂苗。

第二次在拔节后抽穗前进行。这时植株性状表明比较明显，主要从株型、株高、叶宽、叶片角度、茸毛多少、叶片波曲等性状来识别，要拔除过高或过低非本自交系性状特点的植株。

第三次在收获后脱粒前进行。根据自交系的穗形、粒形和颜色，以及穗轴颜色等淘汰不象本自交系的果穗。

从单交制种区母本自交系上收获的杂交果穗，倘若父、母本自交系均系黄色或全为白色，当年籽粒性状无变化，仍按母本自交系的标准去杂。

当采用籽粒颜色不同的自交系配制单交种时，若以白粒自交系作母本，黄粒自交系作父本时，从母本上收获的杂交果穗则表现浅黄色。