在大中型水库中，尤其是与江河相通的大水库，凶猛鱼类和其他敌害较多，对放养鱼类的危害很大。水库中对放养鱼类危害较大的有鲢鱼、鳜鱼、黑鱼等凶猛鱼类。

在水库蓄水以前，应对未来水库淹没区内的凶猛鱼类进行清除。投放鱼种时要严防将凶猛鱼类带进库内。面积在900亩以下的水库，在放养鱼种前可以彻底清库，清除凶猛鱼类的小杂鱼，有条件的可以把库水排干。面积小的水库还可以使用生石灰、漂白粉等清库。

在日常管理中，要密切注意敌害（包括污染物）的来源和活动情况，及时采取措施，进行歼捕处理。凶猛鱼类较多的水库，还要采取措施，破坏其产卵条件并歼捕亲鱼，控制种群繁殖。