烤烟生长发育需水量较大，但对土壤通气性要求相当严格，不能忍受土壤过湿和积水。土壤过湿，不但影响根系发育，减少地上部茎叶的生长量，延迟成熟，且易诱发各种病害。育苗期的猝倒病、炭疽病，大田生长期间的黑胫病、低头黑都与土壤湿害有密切关系。暴雨后天晴，叶斑病（尤其是赤星病）大量发生，危害很大。土壤过湿还会降低烟叶的品质，使烘烤后烟叶单位面积重量弹性降低，香气不足。如果雨水过多而发生涝害，对产量和品质的影响就更大。淹水后造成土壤缺氧，根系吸水机能受阻。植株失去膨压，表现出凋萎症状。如果很快排干积水，对生长影响比较小。若淹水１２小时，植株生理生化就会发生变化，植物碱含量减少，而还原糖含量提高。淹水１２小时和２４小时，干物质积累比对照低１２％和４５％。不同生育期淹水造成的损失不同，１２～１３片叶时受淹比１７片叶受淹伤害更大。淹水后，下部烟叶变黄，并逐步向上扩展，淹水超过２天，大部分植株将萎蔫死亡。

广东春季阴雨寡照天气多，容易发生烟田湿害，４～９月雨水集中，烤烟生长中后期常因雨水过多而出现涝害，因此，广东植烟区，湿害、涝害是烤烟生产的主要限制因素。排水防涝，是实现烤烟优质高产高效的重要措施。