鱼类异斧虫病病原为异尾异斧虫。身体较细长，后端较宽，左右不对称。成虫全长517毫米。沿身体后端有2列固着铗：1列在身体后缘，较长，固着铗的数目较多，也较大，有24-34个，一般为26-30个；另1列较短，位于身体后端的侧缘，固着铗的数目较少，个体也较小，有3-14个，一般为79个。固着铗完全为同型的，但在较长1列的中部固着铗最大，为360407微米；在较短1列中最大的仅5864微米。身体后部的不对称性与虫体在鳃瓣上寄生的位置及水流的方向有关系，即在鳃瓣上迎着水流的一面固着铗最大。在同一鳃瓣上，困背面与腹面承受水流的方向不同，左右的对称性也相反。

身体前端腹面有口。口腔内有左右对称排列的2个口腔吸盘。口下为咽和分为2条主支的肠，每条主支又有许多分支并伸达身体后端。主支及所有分支都成盲管状。精巢位于身体后部左右肠支之间，数目约有100个，形状不规则，卵巢1个，位于精巢之前，呈倒U字形。

虫体生长到6毫米左右时达到性成熟，开始产卵。产卵期从春季到晚秋。卵为橄榄形，大小为0．15×0.07毫米，在一端上有1条卵丝。1次产卵300-800个，卵丝相互缠绕成绳状，用以附着在网箱或其他物体上进行发育和孵化。卵子孵化的温度范围是10-28℃，适宜温度是．18-25℃。孵化速度在25℃时为5天零22小时，28.5℃时为3天零6小时。

刚孵出的幼虫体长为0．18-0.29毫米，后部具2对锚钩和5对边缘小钩。身体前、中、后三处具纤毛带。幼虫在水中自由游泳，遇到宿主后就附着上去，蜕掉纤毛，开始寄生生活，并迅速生长发育，在水温为25-28℃时，约20天就发育为成虫。