合作医疗报销有时间限制。农村合作医疗报销期限各地规定不一样,一般是规定在当年报销，跨年度的不超过一季度。跨结算年度2个月，原则上不予结算。参合农民患病住院，可在全市范围内自由选择定点医疗机构就诊。

确因病情需要转到市外医疗机构就诊的，患者本人或其亲属必须在3个工作日内报市合管中心备案，以便核查。转至市外住院的医疗机构必须是公立二级以上医疗机构。

在外务工的参合农民，因病在当地公立医疗机构就诊，由本人或其家属在3个工作日内向市合管中心申请备案，其发生的符合新型农村合作医疗支付范围的住院费用，先由个人垫付，治疗终结后凭当地公立医疗机构提供的出院记录、住院收费清单、收费收据，到市合作医疗经办机构申请办理补偿手续，经审核符合补偿条件的按市外医疗机构报销比例予以补偿。