航空运输企业取得的改签费收入应作为价外费用并入交通运输服务征收增值税。根据2019年39号公告中的规定，航空旅客运输服务计算进项可抵扣税额仅包含票价和燃油附加费，机票改签费作为价外费用不得计算进项可抵扣税额。