毛慈菇种子能繁殖能出来苗，但毛慈菇的种子细小、休眠期长，在自然条件下难以打破休眠，而且种壳坚硬，通透性差，对繁殖技术要求高，成苗率相对块茎繁殖会较低，所以一般在实际生产中基本不采用种子繁殖。