因为康熙拥有军队人数、将领、控制区域、人口、经济实力的优势。三藩作乱的时候是1673年，那时候清王朝已经完成了国家统一，领土辽阔。所以三藩控制的地区与清朝政府相比小，人口、经济、军事实力也相对弱小。只是由于八旗军队的逐渐腐化，才使得吴军在刚开始占据上风。

康熙拥有政治和道义上的优势。康熙时期，国家统一，经济的发展需要和平稳定的环境，老百姓安居乐业也要求和平，三藩作乱违背了人民的意愿和历史的潮流，不得人心。历史上犯上作乱都是背上不道德的骂名的，不管借口如何的冠冕堂皇，例如西汉七国之乱打着“清君侧”的旗号，明朝燕王朱棣打着靖难的旗号都不过是借口，后世的骂名仍然滚滚来。