清包工工程的账务处理和正常工程的账务处理一致，只是项目材料的种类和金额会要少很多。工程施工过程所发生的直接成本费用通过“工程施工——合同成本”科目核算。该科目根据施工项目确定成本核算对象，进行辅助核算，按照成本项目进行明细核算。工程施工过程中所发生的间接费用通过“间接费用”科目核算。如有多个项目，应在项目间进行分配。