黑臭水的颜色测定包括了水体的透明度和色度两个方面的指标，其本身的特点也与其他状态有很大不同。黑臭水，目前的主流定义是以溶解氧、臭阈值、透明度和色度四个指标进行水体质量考量，其中有一项不达标就可称为黑臭水体。

一般选择与水体黑臭生化过程有关的一些参数，进行了现场和模拟试验测定研究，结果证明DO、BOD_5、硫酸还原菌数等，与水体黑臭具有较好的相关性。黑臭状态是水体，其理化环境表现为强还原性质，有机无机污染极其严重，水有一种异味产生，水生生物不能再生存，水生植被退化甚至灭绝，浮游植物、浮游动物、底栖动物只有少量耐污种存在。这样就影响食物链，生物开始退化甚至消失，整个环境遭受破坏。