如果是同一窝的仓鼠是不能够进行配种的。同一窝进行配种是属于近亲繁殖，会增大仓鼠畸形、死胎率及一些先天性疾病的概率。给仓鼠配种需要在近五代内没有血缘关系的两只相配，尽量避免近亲繁殖的可能，人为的避免先天性疾病发生的可能性。同时配种时应当选择两只体型相差不大的配种，最好是公鼠比母鼠小的。