在城市快速路占用公用车道行驶，一次扣三分。除了扣三分，还会对该机动车驾驶人处以两百元的罚款。

根据《道路交通安全违法行为记分分值》第三条第六项的规定，机动车驾驶人驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上不按规定车道行驶的，一次记3分。

《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。

法律依据：

《道路交通安全违法行为记分分值》第三条第六项

机动车驾驶人驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上不按规定车道行驶的，一次记3分。

《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条

机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。