1、形态不同：柠檬薄荷整株比较光滑，带有黄色腺体点缀，颜色基本为深绿色，叶缘有锯齿状。食用薄荷大多为纤细的须根及水平匍匐根状茎，叶片为长圆状披针形，颜色为绿色，边缘有牙齿状锯齿。

2、气味不同：柠檬薄荷轻轻一揉就会散发出柠檬香味。而食用薄荷因品种繁多，香味各不相同。

3、种类不同：柠檬薄荷为唇形科植物，是一种多年生草本植物，种类上仅有一种。而食用薄荷种类有多种，例如像比较常见的亚洲薄荷、荷兰薄荷、胡椒薄荷、留兰香薄荷，土薄荷，苹果薄荷等。