1、原料不同：黑全麦粉的原料是整粒黑小麦，不除去麸皮和胚芽；全麦粉的原料是整粒小麦。

2、产品标准不同：黑全麦粉没有对应的国家标准，只有生产企业备案的食品安全企业标准，如Q/PLJⅩ0001S-2020《黑小麦全麦粉》；全麦粉对应的国家标准是粮食行业标准，即LS/T3244-2015《全麦粉》。

3、微量元素含量不同：黑全麦粉富含钙、铁、锌、硒等多种微量元素，其中硒元素是普通小麦的3倍以上；全麦粉相对黑全麦粉微量元素含量较少。