工厂搬迁需要对不愿意到新厂址工作的员工进行补偿，其补偿可以按照以下步骤进行。

第一，协商。双方当事人在尊重双方利益的基础之上，就补偿事项协商一致，达成和解协议，从而解决纠纷。

第二，协商不成，依程序直接向劳动者支付经济补偿金。

根据劳动合同法第40条第三款的规定，劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的，用人单位提前30日以书面形式通知劳动者本人，或额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同，并依照劳动合同法第47条向劳动者支付经济补偿金。

以上是我对这个问题的解答，希望可以帮助到大家，谢谢。