黑臭水体的治理措施有：控源截污、內源治理、驳岸整治、水质提升。

1、控源截污

是黑臭水体治理中最直接有效、最基础的技术措施。主要用于对生活及生产污水、初期雨水、冰雪融水、畜禽养殖污水、地表固体废弃物等点源、面源污染的控制与治理；通过沿河沿湖铺设污水截流管线，并合理设置提升(输运)泵房，将污水截流并纳入城市污水收集和处理系统。

2、內源治理

通过环保清淤的工程手段，将内源污染移出水体。并且在微生物为主的作用下削减底泥中污染物，使黑臭淤泥减量、无机化，是一种安全、环保的内源污染原位治理方式。

3、驳岸整治

用于已有硬化河岸(湖岸)的生态修复，属于城市水体污染治理的长效措施。采取植草沟、生态砌块护岸、生态活性水岸等形式，对原有硬化河岸(湖岸)进行改造，恢复岸线和水体的自然净化功能及景观功能。

4、水质提升

通过采用湿地建设、微生物投放、曝气造流、生态流量补给等生态工程技术措施启动的包括基质-微生物-植物-动物在内的系统构建，吸收转化水体中污染物，深度净化达到长效提升水质的作用。