1、组织机制障碍，随着家族企业的成长，其内部会形成各类利益集团，由于夹杂复杂的感情关系，使得领导者在处理利益关系时会处于更复杂，甚至是两难的境地。企业领导人的亲属和家人违反制度时，管理者很难像处理普通员工那样一视同仁,这给企业内部管理留下了隐患。

2、人力资源的限制，家族式企业似乎对外来的资源和活力产生一种排斥作用。尤其是由于在家族式企业中，一般外来人员很难享受股权，其心态永远只是打工者，始终难以融入组织中。另外，由于难以吸收外部人才，企业更高层次的发展会受到限制。正如新希望集团总裁刘永行所说：“家族企业最大的弊病就在于社会精英进不来。几兄弟都在企业的最高位置，外面有才能的人进不来，而且一家人的思维方式多少有些类似，没有一个突破点。大家各有各的想法，要决策某件事就很难，容易耽误商机。”

3、不科学的决策程序导致失误，决策的独断性是许多民营企业初期成功的重要保证，许多企业家在成长过程中靠的就是果敢、善断，因为抓住了一两次稍纵即逝的机会而成功的。但是随着企业的发展，外部环境的变迁，企业主的个人经验开始失效，生意越做越大，投资的风险也越来越大，不像创业初期那样，一两次失误的损失还可以弥补回来。这个时候，保证决策的民主性、科学性就显得越发的重要。