1、受到贵族诬害以及秦惠文王的猜忌,车裂而死。前338年，秦孝公病危，想传位于商鞅，商鞅推辞不接受。同年，秦孝公去世，其子惠文王嬴驷即位，即秦惠王。

2、这时，商鞅想要告老退休，有人向秦惠王说：“大臣功高盖主就会危害国家社稷，对身边的人过于亲近就会惹来杀身之祸。现如今秦国的男女老幼只知道商鞅的新法，而不知道君上您。况且君上您与商鞅有仇，愿君上早下决断。”

3、正在这时，公子虔等人借机告发商鞅谋反，秦惠文君于是派人捉拿商鞅。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带任何凭证，便告诉他说“商君之法”（即商鞅之法）规定，留宿无凭证的客人是要“连坐”治罪的。商鞅感叹“制定的新法竟然遗害到了这种地步”，这就是成语“作法自毙”的来历。

4、商鞅想逃到魏国去避难，但魏国因他曾经背信攻破魏帅，并生擒公子昂，拒绝他入境。无奈，商鞅便潜回到他的封地商邑，立即组织邑兵北出击郑国（今陕西省华县）。秦国遂发兵讨之，商鞅兵败，被杀于郑国黾池（今河南渑池）。其尸身被带回咸阳，秦惠王又下令处以“车裂之刑”，商鞅的家族人员也被杀害。