由于独山玉所含有色矿物和多种色素离子，使独山玉的颜色复杂和变化多端。其中50%以上为杂色玉，30%为绿色玉，10%为白色玉。玉石成分中含铬时呈绿或翠绿色；含钒时呈黄色；同时含铁、锰、铜时，呈淡红色；同时含钛、铁、锰、镍、钴、锌、锡时，多呈紫色等。独山玉是一种多色玉石，按颜色可分为八个品种。

绿独山玉

　　绿至翠绿色，包括绿色、灰绿色、蓝绿色、黄绿色，常与白色独玉相伴，颜色分布不均，多呈不规则带状、丝状或团块状分布。质地细腻，近似翡翠，具有玻璃光泽，透明至半透明表现不一，其中半透明的蓝绿色独玉为独山玉的最佳品种，在商业上亦有人称之为“天蓝玉”，或“南阳翠玉”。矿山开采中，这种优质品种产量渐少。而大多为灰绿色的不透明的绿独玉。

红独山玉

　　又称“芙蓉红”。常表现为粉红色或芙蓉色，深浅不一，一般为微透明至不透明，质地细腻，光泽好，与白独玉呈过渡关系。此类玉石的含量少于5%。

白独山玉

　　总体为白色，乳白色，质地细腻，具有油脂般的光泽，常为半透明至微透明或不透明，依据透明度和质地的不同又有透水白、油白、干白三种称谓，其中以透水白为最佳，白独玉约占整个独山玉的10%。

紫独山玉

　　色呈暗紫色，质地细腻，坚硬致密，玻璃光泽，透明度较差。俗称有亮棕玉、酱紫玉、棕玉、紫斑玉、棕翠玉。

黄独山玉

　　为不同深度的黄色或褐黄色，常呈半透明分布，其中常常有白色或褐色团块，并与之呈过渡色。

褐独山玉

　　呈暗褐、灰褐色、黄褐色，深浅表现不均，此类玉石常呈半透明状，常与灰青及绿独山玉呈过渡状态。其中浅色的比较好。

黑独山玉

　　色如墨色，故又称“墨玉”。黑色、墨绿色，不透明，颗粒较粗大，常为块状，团块状或点状，与白独玉相伴，该品种为独山玉中最差的品种。

青独山玉

　　青色、灰青色、蓝青色，常表现为块状、带状，不透明，为独山玉中常见品种。

杂色独山玉

　　在同一块标本或成品上常表现为上述两种或两种以上的颜色，特别是在一些较大的独山玉原料或雕件上常出现四至五种或更多颜色品种，如绿、白、褐、青、墨等多种颜色相互呈浸染状或渐变过渡状存于同一块体上，甚至在不足1cm的戒面上亦会出现褐、绿、白三色并存，这种复杂的颜色组合及分布特征对独山玉的鉴别具有重要的指导意义。杂色独玉是独山玉中最常见的品种，占整个储量的50%以上。

　　颜色好坏依次为纯绿、翠绿、蓝绿、淡蓝绿，蓝中透水白、绿白、干白及杂色。独山玉以色正、透明度高、质地细腻和无杂质裂纹者为最佳。其中以芙蓉石、透水白玉、绿玉价值较高。此外，利用玉块不同颜色模仿自然制作的俏色玉雕获得好评。