一、检察院退侦查的原因包括什么？

人民检察院退回侦查的原因可能是犯罪证据不够确实充分，发现跟案件相关的材料没有移送完毕，对犯罪事实的调查状况不清楚，发现之前的侦查活动不合法，或者存在着其他不符合起诉的法定情节，在退回公安机关的时候，会书面通知公安机关退真的原因。

(1)犯罪嫌疑人身份状况不清楚，包括姓名、性别、国籍、出生年月日、职业和单位等;

(2)犯罪事实、情节不清楚

(3)证据材料没有随案移送，

(4)证据不够确实、充分;

(5)有遗漏罪行和其他应当追究刑事责任的人;

(7)有附带民事诉讼;

(8)采取的强制措施不适当;

(9)审查活动不合法;

补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。

二、公安机关在补充侦查结束后怎么处理?

对人民检察院退回补充侦查的案件，原侦查部门应当对案件的事实、证据和定性处理意见进行认真、全面地审查，分析研究人民检察院退回补充侦查意见，根据不同情况，报县级以上公安机关负责人批准，分别作如下处理：

1、原认定犯罪事实清楚，证据不够充分的，在补充证据后，应当制作《补充侦查报告书》，移送人民检察院审查;对有些证据无法补充的，应当作出说明;

2、在补充侦查过程中，发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作《起诉意见书》，移送人民检察院审查;

3、发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的人民检察院;

4、原认定犯罪事实清楚、证据确实充分、人民检察院退回补充侦查不当的，应当说明理由，移送人民检察院审查。

实际上，在我国的刑事诉讼的程序性规定中，人民检察院退身的原因不能一概而论，这个到时候应该以检察院的通知为准，比如说人民检察院认为定罪的证据不够充分，而公安机关对人民检察院退回侦查的决定有争议的话，还是可以申请复议的。