1、法院会判决协议离婚子女抚养权。依据我国《民法典》的规定，如果夫妻双方离婚的，其他问题能协商解决的，仅就抚养权问题协商不成的，可以就抚养权问题单独提起诉讼，由法院判决子女抚养权的归属。
2、法律依据《民法典》
第一千零七十六条 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零八十五条 离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。前款规定的协议或者判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或者判决原定数额的合理要求。