1、孕期离婚了，孩子的出生证明应当按照相关规定办理。当事人在孕期离婚，孩子出生后要办理出生证明的，应当向出生的医疗保健机构提出申请，并且提供相应的证件，医疗保健机构受理申请，必须对提供的证件进行审查，审查后，认为孩子确实在本机构出生的，应当为孩子办理出生证明，其中当地对单亲妈妈办理出生证明有特别规定的，应当按照其规定办理。
2、法律依据：《中华人民共和国母婴保健法》
第二十三条 医疗保健机构和从事家庭接生的人员按照国务院卫生行政部门的规定，出具统一制发的新生儿出生医学证明;有产妇和婴儿死亡以及新生儿出生缺陷情况的，应当向卫生行政部门报告。