1、分居三个月不算自动离婚。不论分居多久，只要夫妻感情没破裂就不可离婚。法律无分居达到一定时间就自动离婚的规定。在我国离婚只有诉讼离婚和协议离婚两种方式，如果双方都同意离婚，并且就孩子抚养权以及财产分割达成协议，可以到民政局协议离婚。如果有一方不同意协议离婚。也可以到法院进行诉讼离婚。
2、法律依据《民法典》
第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。