1.公司惩罚员工不合法。任何公司单位或者企业都不可以对员工进行处罚。即使员工工作中犯错了，可以对员工进行培训教育。不能对员工进行处罚。这是触犯劳动法的。如果员工在公司或者工厂，工作中触犯了极大的错误，给公司或者企业造成严重影响和损失。公司可以劝退员工离职。但不可以处罚员工。
2.法律依据：《中华人民共和国劳动合同法 第八十八条 用人单位有下列情形之一的，依法给予行政处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任：（一）以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动的；（二）违章指挥或者强令冒险作业危及劳动者人身安全的；（三）侮辱、体罚、殴打、非法搜查或者拘禁劳动者的；（四）劳动条件恶劣、环境污染严重，给劳动者身心健康造成严重损害的。