(1)法律依据不同
国有独资企业遵循《全民所有制企业法》，国有独资公司遵循《公司法》。
(2)管理体系不同
国有独资企业由政府出资，隶属于政府，实行政府任命或职工选举并经政府审核同意的厂长(经理)负责制，注重隶属关系;国有独资公司是以“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的现代产权制度为指引，建立明确的以资产为纽带的现代国有产权管理体系。
(3)治理结构不同
国有重点大型企业监事会由派出，对负责，代表国家对国有重点大型企业的国有资产保值增值状况实施监督。
(4)管理者角色不同
国有独资企业的厂长(经理)是上级任命的，是企业法定代表人，在企业生产经营中处于中心地位。国有独资公司总经理是由董事会聘任，对董事会负责，根据董事会的决策，对企业的日常经营管理工作负全面的责任，董事会与总经理之间是一种聘用关系。
法律依据：《中华人民共和国公司法》
第六十五条
国有独资公司的设立和组织机构，适用本节规定；本节没有规定的，适用本章第一节、第二节的规定。
本法所称国有独资公司，是指国家单独出资、由或者地方人民政府授权本级人民政府国有资产监督管理机构履行出资人职责的有限责任公司。
