第一,二者的法律关系不同。反诉是一个独立的诉讼请求,其目的在于达到与本诉请求权抵销、吞并,使原告的权利全部或者部分地失去。反诉与本诉可以合并审理,也可以不合并审理而另行起诉,具有独立性。而抗辩只能在已提起的诉讼程序中进行,不能单独进行,而且无论如何抗辩,都不能产生新的诉讼请求。
第二,二者的法律地位不同。本诉的被告因反诉理由成立而与本诉的原告处于同等的诉讼地位,成为反诉的原告,即使本诉的撤回也不能影响其反诉部分的审理。法院必须从程序上或实体上对反诉作出明确的裁判。而在抗辩中,抗辩者不可能改变其在诉讼中的法律地位,无论其如何抗辩,始终是被告。
第三,二者提起的时间不同。反诉只能在一审法庭辩论结束前提起,而抗辩意见则可以在一审、二审、重审、再审的任何时候提出。当然,抗辩者应对其提出的抗辩负举证责任,这也就涉及到举证时限的问题。