对合并协议应包括哪些主要条款，公司法没有规定。合并协议的主要内容可以参考以下内容，包括：
1、合并协议各方的名称、住所、法定代表人；
2、合并后公司的名称、住所、法定代表人；
3、合并后公司的投资总额和注册资本；
4、合并形式；
5、合并协议各方债权、债务的承继方案；
6、职工安置办法；
7、违约责任；
8、解决争议的方式；
9、签约日期、地点；
10、合并协议各方认为需要规定的其他事项。
二、通过合并协议
合并协议是导致公司资产重新配置的重大法律行为，直接关系股东的权益，是公司的重大事项，所以公司合并的决定权不在董事会，而在股东(大)会，参与合并的各公司必须经各自的股东(大)会以通过特别决议所需要的多数赞成票同意合并协议。
我国公司法分别对有限责任公司、国有独资公司和股份有限公司对合并需要股东(大)会特别决议通过。其中，有限责任公司股东会对公司合并的决议，必须经代表表决权的股东通过；国有独资公司的合并应由国家授权投资的机构或者国家授权的部门决定；股份有限公司股东大会对公司合并作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权的通过。
三、编制资产负债表和财产清单
四、通知债权人和公告
我国公司法规定了通知债权人的程序和公告的方式。该条规定，参与合并的公司“不清偿债务或者不提供相应的担保的，公司不得合并”。表明我国公司法赋予了参与合并的公司债权人异议有阻止合并程序进行的效力。
五、主管机关批准
公司法规定：“股份有限公司合并或者分立，必须经授权的部门或者省级人民政府批准。”所以，主管机关的批准是股份有限公司合并的必经程序。
六、办理公司变更、注销登记
公司合并后，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记。被吸收公司因解散应向公司登记机关办理注销登记。
