1、在我国夫妻双方分居三年，法院不可以判自动离婚的。因为我国不能自动离婚，且人民法院判决离婚的依据是“夫妻感情是否确已破裂”，而非分居时间。感情破裂的情形认定包括重婚或者与他人同居、因感情不和分居满二年等。
2、法律依据
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。 人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。 有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（1）重婚或者与他人同居;
（2）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;
（3）有赌博、吸毒等恶习屡教不改;
（4）因感情不和分居满二年;
（5）其他导致夫妻感情破裂的情形。 一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。 经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。