尽管已明确了房地产、土地抵押的登记机关，但由于土地管理部门、房地产管理部门、建设主管部门、国有资产管理部门、工商管理部门都参与或不同程度的介入土地、房地产抵押登记，造成多头管理，政出多门的格局，给抵押权的实现带来风险。
2、重复抵押风险。
由于大部分市、县实行房、地分制的管理体制，两个部门管理抵押登记，其房屋占用范围内的土地使用权很容易形成重复抵押。这样的情形大致有二种：一种是将无地上定着物的土地使用权抵押到土地管理部门办理抵押登记。在抵押期内将土地开发建设后，以其房地产形式到房地产管理部门办理房地抵押登记，造成土地重复抵押。另一种是将其房地产抵押后，声明其房地产权证丢失，补领产权证后再次抵押给新的抵押人。此外，一些开发商为了筹集建设资金，将抵押土地、在建工程，进行预售，而预售房又进行期权抵押，造成重复抵押。
3、私下抵押风险。
由于法律意识淡薄，一些金融机构只收留、扣押、保存产权证，不到登记机关办理抵押登记，抵押权人的合法权益得不到保护。
4、空头抵押风险。
房地产拆迁后，其产权证未能及时收回，若工作不细致，就会造成空抵押现象。目前开发企业和新建企业均在建设期内领取临时土地使用证，如果抵押期限超过临时土地使用期限，也可能形成空头抵押风险。
5、扩大范围抵押风险。
把国家机关、公用事业、单位房地产和宅基地、耕地等集体所有的土地使用权进行抵押，势必造成扩大范围无法律、法规依据的风险。
6、价格风险。
抵押物未经具备土地和房地产评估资格机构专业人员的评估，致使抵押物价值未有与市场贴近的价值标准，给抵押人和抵押权人造成财产损失的风险。
7、变现风险。
由于房地产为大宗物品，一旦抵押权清偿因短期变现，难以找到合适的买家，势必造成抵押物价值减损，出现因急于变现带来的变现风险。
8、抵押物的损毁、灭失风险。
抵押人或第三人有意或无意毁损抵押物，造成抵押物价值急速贬值，以致抵押物实际价值低于未偿还的贷款本息，从而可能出现贷款不能完全收回的风险。另一种情况就是由于自然的或人为的原因，无意或故意地造成住房抵押物的灭失风险，如火灾、地震等。
9、偿还风险。
对贷款机构来说，要收回的是贷款本息，而不是直接回收贷款抵押物。所谓房地产抵押贷款偿还风险是指由于抵押人违约，不按贷款合同中规定的还款计划还款，从而造成信贷资金损失的情况。具体为：
(1)抵押人拒绝偿还债务，认为放弃继续还款能带来更大的收益。这是一种抵押入主动违约行为，与其经济偿还能力无关。只有当房地产价格下跌，抵押物价值下跌幅度大于贷款者购房投资成本时，才出现这种情况。
(2)抵押人由于经济状况变差，偿贷的经济能力不足以承担抵押贷款合同的未偿还金额。例如，抵押人欠下了多种债务，在申请贷款时虚报了经济状况，银行工作人员未能认真进行核实调查，以及抵押人遇到意外事故而致伤残，均可能导致偿还风险。
