1.股权转让协议印花税税率是万分之五。
2.法律依据：《中华人民共和国印花税法》第四条 印花税的税目、税率，依照本法所附《印花税税目税率表》执行。
第五条 印花税的计税依据如下：（一）应税合同的计税依据，为合同所列的金额，不包括列明的增值税税款；（二）应税产权转移书据的计税依据，为产权转移书据所列的金额，不包括列明的增值税税款；（三）应税营业账簿的计税依据，为账簿记载的实收资本（股本）、资本公积合计金额；（四）证券交易的计税依据，为成交金额。