1.性质不同
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的。增值税普通发票，是将除商业零售以外的增值税一般纳税人纳入增值税防伪税控系统开具和管理。
2.简称不同
增值税专用发票简称专票，增值税普通发票俗称一机多票。
3.分类不同
增值税普通发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为两联：发票联和记账联。增值税普通发票的格式、字体、栏次、内容与增值税专用发票完全一致，按发票联次分为两联票和五联票两种。
《增值税暂行条例》第二十六条