在专利侵权纠纷中，专利权人或者利害关系人可以向法院提出诉前责令停止侵犯专利权行为的申请。利害关系人包括专利实施许可合同的被许可人、专利财产权利的合法继承人等。专利实施许可合同的被许可人中，独占实施许可合同的被许可人可以单独向人民法院提出申请;排他实施许可合同的被许可人在专利权人不申请的情况下，可以提出申请。
在集成电路布图设计侵权纠纷中，集成电路布图设计权利人可以向法院提出诉前责令停止侵犯集成电路布图设计专有权行为的申请。
在商标侵权纠纷中，商标注册人或者利害关系人可以向法院提出诉前责令停止侵犯商标权行为的申请。利害关系人包括商标使用许可合同的被许可人、注册商标财产权利的合法继承人。注册商标使用许可合同的被许可人中，独占使用许可合同的被许可人可以单独向人民法院提出申请;排他使用许可合同的被许可人在商标注册人不申请的情况下，可以提出申请。
在著作权侵权纠纷(包括计算机软件)中，著作权人或者与著作权有关的权利人可以向法院提出诉前责令停止侵犯著作权或者与著作权有关权益的行为。
(二)申请人向人民法院申请诉前责令停止侵犯专利、商标、著作权的行为时，应当提交下列证明材料：
1.申请书。申请书应当载明当事人及其基本情况、申请的具体内容、范围和理由等事项。申请的理由包括有关行为如不及时制止会使申请人合法权益受到难以弥补的损害的具体说明。
2.申请人的权利证明。申请人应当提交能证明其权利真实有效的文件，包括权利证书等凭证，如专利证书、专利权利要求书、专利说明书、专利年费交纳凭证、商标注册证、作品底稿、作品原件、合法出版物、著作权登记证书等等。涉及实用新型专利的，申请人还应当提交国务院专利行政部门出具的检索报告。利害关系人提出申请的，还应当提供独占使用许可合同、排他使用许可合同及其相关材料。排他实施许可合同的被许可人单独提出申请的，应当提交权利人放弃申请的证明材料。专利、商标、著作权财产权利的继承人提出申请的，应当提交已经继承或者正在继承的证据材料。
3.被申请人实施侵权行为的证据。申请人应当提交能证明被申请人正在实施或者即将实施侵犯其权利的行为的证据，包括被控侵权产品等等。
4.申请人应提供有效的担保。申请人应当提供担保，申请人不提供担保的，人民法院将驳回申请。在执行停止有关侵权行为的裁定的过程中，被申请人可能因采取该项措施造成更大损失的，人民法院可以责令申请人追加相应的担保。申请人不追加担保的，可以解除该项措施。人民法院采取的上述措施，不因被申请人提供担保而解除，但申请人同意的除外。
综合上面所说的，商标被他人进行侵权那么作为商标的拥有者是可以要求停止侵犯的，不管是走法律的程序还是进行合法的协商前提都需要有合法的证据，有证据才能说明整个案件的事实，所以，在处理的时候就一定要按流程来进行办理。
