当违章建筑遭受他人侵害时，侵害人是否学要负停止侵害、赔偿等责任，实务中有不同的意见。有一种意见认为国家（法院）保护的应当是合法权益，对违法的民事行为带来的权益，法院不应当保护。
而违章建筑没有经过政府有关部门的批准，违反了《城市规划法》等相关法律法规的规定，对此产生的利益，国家不应该保护。违章建筑虽然在未得到相关部门批准之前不是合法建筑，但违章建筑不是人人皆可毁损，对违章建筑只能通过法定程序由法律授权的相关部门处理。