两者的区别主要有以下几个方面：
1、主体不同。违法提供出口退税凭证罪的主体是税务机关以外的其他国家机关工作人员，主要是海关等国家机关的工作人员。徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪的主体仅限于税务机关工作人员。
2、客观方面不同，违法提供出口退税凭证罪的客观方面主要表现为行为人为徇私情私利，违反国家规定，非法提供出口货物报关单、出口收汇核销单等出口退税凭证，致使国家利益遭受重大损失的行为。徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪的客观方面包括三种形式，即徇私办理发售发票、徇私办理抵扣税款、徇私办理出口退税。违法提供出口退税凭证罪的客观方面与徇私舞弊发售发票、抵扣税款罪相比，比较容易区分，在此不再赘述，违法提供出口退税凭证罪与徇私舞弊出口退税罪相比，其区别主要表现为：一是行为发生的阶段不同，违法提供出口退税凭证的行为一般发生在办理出口退税前；徇私办埋出口退税往往发生在办理出口退税过程中，并以伪造或非法提供的出口退税凭证为前提，二是行为发生的部门不同。违法提供出口退税凭证罪发生在税务机关以外的其他国家机关；徇私舞弊出口退税则发生在税务机关在办理出口退税的工作之中。三是行为的方式不同。前者是徇私提供出口退税凭证；后者是徇私办理出口退税。
（二）区分本罪与骗取出口退税罪的界限
骗取出口退税罪是指以假报出口或者其他欺骗手殿，骗取国家出口退税款，数额较大的行为。它与本罪的区别主要有：
1、犯罪主体不同。骗取出口退税罪的主体是一般主体。违法提供出门退税凭证罪的主体则为税务机关以外的其他国家机关工作人员。
2、客观方面不同。骗取出口退税罪的客观方面衣现为假报出口或者以少报多、以劣报优或以其他欺骗手段，骗取国家出口退税款。违法提供出口退税凭证罪的客观方面表现为行为人徇私舞弊，非法提供出口货物报关单、出口收汇核销单等出口退税凭证。
3、侵犯的客体不同，骗取出口退税罪侵犯的客体是国家的税收管理秩序，违法提供出口退税凭证罪侵犯的客体不仅是国家的税收管理秩序，同时还侵犯了国家机关的正常管理活动。
