首先，《土地管理法》于1986年经审议通过，并于1987年正式实施。该法规定农村居民建造房屋使用的土地，不得超过省、自治区以及直辖市规定的标准。但是由于法不溯及既往，在1987年之前建造的房屋并没有相关法律法规对其进行限制规定，因而不应当作为违法建筑处理。拆迁部门对1987年之前建造的房屋认定为“违建”的，于法无据，被拆迁方可通过行政复议或者行政诉讼进行维权。
其次，由于《城乡规划法》于2008年通过实施，并规定建造房屋必须拥有建设工程规划许可证，但对于2008年之前拥有合法土地使用权的房屋，由于并没有相关的条文和处罚决定，因而不能被轻易认定为“违建”。
2、未批先建，存在程序违法的房屋
根据《土地管理法》第六十二条的相关规定，农村村民住宅用地，应当经乡镇人民政府审核，并由县级人民政府批准。同时，根据《城乡规划法》第六十五条，对于未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可进行建设的，可以由乡镇人民政府责令限期改正。因而，对于没有办理批建手续，但拥有选址意见书，符合宅基地使用标准的违法建筑，属于程序违法的建筑，要求其缴纳相关费用并补齐程序后，不能随便认定为“违建”。
3、招商引资兴建的房屋
很多地方为了促进经济发展，成立相关的招商局进行招商引资，并同意其先在土地上兴建厂房，后补办手续，但由于土地性质等各项问题导致企业在办理部分手续时无法办理。这种厂房不得随便认定为“违建”，政府招商引资作出的明文规定或红头文件是对建筑合法性的认定，若日后再认定为“违建”，有损政府公信力。
4、从政府手中买断的土地使用权及地上建筑物
政府通过招标、拍卖的方式出售乡镇企业的剩余土地使用权，若在拍卖过程中出现地上建筑物没有相关证件手续的情况，在私营企业收购该土地使用权和地上附着物后，不应当认定为“违建”。
