1.三个股东分配股份最合理的方法是：个人出资额所占比例人出资额÷三人出资总额×100%。
2.法律依据：《中华人民共和国公司法》
第二十七条 第三款 全体股东的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的百分之三十。
第二十八条 股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户。