1 、侵害的客体不同。假冒专利罪侵犯的直接客体是国家的专利管理制度，而假冒商标罪侵犯的直接客体是国家的商标管理制度。
2 、假冒专利罪的侵害对象不是注册商标，而是被授予的专利。这也是二者在假冒内容上的差别。