这两种处理的不同之处：
1、适用阶段不同。撤销案件只能适用于侦查阶段，不起诉则是在审查起诉阶段适用。
2、适用对象不同。撤销案件只能由有权立案的机关作出，不起诉决定可以适用于自己立案侦查的案件，也可以适用于公安机关立案侦查的案件。
3、使用的主体范围不同。不起诉只能由人民检察院决定，撤销案件既可以有人民检察院作出，也可以由公安机关作出。
4、意义不完全相同。撤销案件具有明显的纠错性质，不起诉则具有不能追究、从宽处理和纠错的三种属性。