网上不可以办理港澳通行证。办理港澳通行证流程如下：
1、申请人到受理窗口咨询、领取并填写《中国公民因私赴港澳地区申请表》，工作人员一次性告知许可条件、需提交的材料。
2、数码照相：根据证件制作的要求，由申请人本人到受理机关或者公安局指定的数码照相点拍照。
3、到受理窗口取号排队。
4、申请人到受理窗口递交材料并领取《回执单》。（可以选择邮政快递）
5、申请人到办理窗口凭《回执单》打印缴费收据。
6、申请人凭缴费收据到银行缴费。
7、申请人凭银行收费单据和《回执单》到受理窗口领证。