1、农民专业合作社可以做公司的股东。根据相关规定，农民专业合作社与公司、企业等经济体同等法律地位、法人地位、经济地位。农民专业合作社也和其他公司等经济体一样，甲公司可以投资乙公司，成为乙公司的股东。股东作为投资者享有所有者的分享收益、重大决策和选择管理者等权利，推动经济的发展效果，促进资金的横向融通和经济的横向联系，提高资源配置的总体效益。
2、法律依据：《中华人民共和国农民专业合作社法》第十四条 设立农民专业合作社，应当召开由全体设立人参加的设立大会。设立时自愿成为该社成员的人为设立人。 设立大会行使下列职权： （一）通过本社章程，章程应当由全体设立人一致通过； （二）选举产生理事长、理事、执行监事或者监事会成员； （三）审议其他重大事项。