劳动仲裁中加班的认定主要依据的是日常的人事管理中考勤记录、加班审批表等。　
用人单位承担两年内加班工资举证责任，与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供;用人单位不提供的，应当承担不利后果。超过两年的加班工资举证责任，应根据“谁主张、谁举证”的原则，仍由劳动者承担。
法律依据：《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题解释三》 第九条 劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。但劳动者有证据证明用人 单位掌握加班事实存在的证据，用人单位不提供的，由用人单位承担不利后果